PDFデータ上に残っているスタンプとしてであれば、保持されると考えていいとは思います。
Readerで無償製品であること、Acrobat XIとは同居できる（環境が許せばですが）ので、
インストールして確認することはできると思います。
どちらかというと、入れ替え先が製品版AcrobatからReader製品という点です。
それですとPDFの生成などは一切できなくなる、ということになってしまいます。
※もっともXI以下のAcrobatは既にセキュリティサポートが終了していますので、
その確保としては早々に入れ替えるのがベターです。