m-nishimuraさん
ご報告ありがとうございます。
そうですね、ローカル→サーバを参照する際に
何らかのフィルターが掛かっているように思います。
あとは実際にサーバ上のPDFやExcelを見にいく際に
どんな経路（プロキシ等含む）を通っているかな気がいたしますが…。
①はともかく、②にはAcrobatの環境設定回りは
関与しないのではないか、というのが僕の所感です。
Excel以外のリンクからPDFを参照した際も
同様の状況になるようでしたら、
原因はAcrobatもExcelも関与しない箇所に
あるのではないでしょうか。
ちょっと頼りない回答で申し訳ないのですが。