個々のファイルでどのような状態になっているのかがわからないと推測すら難しいです。
特定の、となると、まずはそのPDFファイルがどのように作成されたものなのか、
設定周りはどうなのかという点が関わってきます。
ご自身で作成されたものでなければ、元作成者への確認・相談も行ってみてください。
またそれらの設定をOFFにした場合は、セキュリティ面が弱くなります。
よって原則としてはONで運用し、やむを得ない場合のみ一時的にOFFにする運用が推奨されます。
保護モードのトラブルシューティング（Adobe Reader）
なお質問される際はOSバージョンや具体的な利用バージョンなどを記載しましょう。
（ジャパンフォーラムのトップページ右上のテンプレート利用が効率的です）