1番目のリンク（法人番号等の公表同意書）が3番目と同じ（取引等に係る税務上の取扱い等に関する事前照会）なので
検索して確認しましたが、それについてはパスワードがかかっていませんでした。
もともとフォーム入力も用意されているので、直接入力させることが前提になっているのでしょう。
2番目と3番目はパスワードがかかっていて内容変更はできない設定になっています。
印刷制限はかかっていないので、いずれもプリンター出力かつ手書きを想定したものでしょう。
（もっとも確定申告書としての入力データ作成であれば、国税庁は確定申告書等作成コーナーの利用を想定していると思います）
なお提示PDFの保管先はnta.go.jpドメインなので国税庁のものですね。
やはりPDFの作成者情報としても国税庁として記述がありますので、そちらに質問されたほうがいいとは思いますが、
これは制作側での意図によるものであり、パスワード処理を勝手に突破はできませんので（パスワード付与の意味がなくなります）、
アプリケーションとしては適切な動作ですし、ユーザー側で勝手に処理対応してはならないだろうと思います。
（勝手にそれをやるのは書類の改竄と同様の話になります）
念のためですが、もし国税庁に質問される際は、1番目の書類も含めて、
個別のアプリケーションを用いて、所謂「ワープロ清書」したものを提出してもいいのかどうかを確認するのが無難です。
今回の場合、国税庁が想定していない作成方法での提出自体が認められているかどうか、という話でもあります。