コメントありがとうございます。
文書のプロパティ>セキュリティを確認していただいた際に
特に「許可しない」になっている項目がなければ
→「許可しない」項目はありませんでした。
PDFをコピー、元PDFを可能であれば削除の上で
サーバーや外付けHDD等に存在するPDFであれば
デスクトップやCドライブ直下へファイルを移動した上で
上書き保存をお試しいただけますでしょうか。
→デスクトップとCドライブ直下へファイルを移動しましたが
やはり「名前を付けて保存」に遷移してしまいます。
*もしお試しいただいたことがなければ、コンピューターの再起動も
行っていただければと思います。
→再起動を試みましたが改善されませんでした。