ご指摘の「特定のファイル」とは、エラーのとおり「MSUIGothic」フォントを埋め込んだファイルすべてになります。
また、本現象は一部のPCで出ているものではなく、10.0.10以降にバージョンアップしたPCすべて発生しています。
(別企業の知人複数名にも試してもらいましたが、全く同じ現象が発生したため、環境に依存する固有の現象とは考えにくいです。)
上記のことから、エラーメッセージに表示される「MSUIGothic」はReader 11.0.10以降の仕様として読み込まない仕様に変更されたのでしょうか。